2379年，在上一部《异形3》中的故事200年后，死去的Ripley被军方和一群疯狂的科学家复制出来，并成功地从其腹中取出了一具异形。而Ripley的基因里也带上了异形的基因，使得她变得更加强壮。但是异形超强的繁殖能力和生长速度以及超乎想象的智慧，使得局势很快失去控制。异形逃出了豢养它们的牢笼，在太空船上大开杀戒。为了不让这些嗜血成性的生物来到地球上，Ripley必须设法杀死自己的“骨肉”。一个叫Annalee Cale的年轻女子（其实是机器人）帮助她克服了母亲恋子之情，将人类与异形的混合复制生物Newborn的唯一幼体赶在飞船回到地球之前杀死。回到地球上，她们和另外两名男幸存者发现，地球早已毁于战乱。（由于导演是法国人，因此这里使用了战火摧毁后的巴黎，尤其是埃菲尔铁塔的遗迹）
注：根据剧情描述，Ripley曾经的公司－－Weyland-Yutani公司已经被沃尔玛收购，并被改造成为研制化学武器的“联军系统”（United Systems Military，简称USM）。因此复制雷普利（Ripley）的目的是为了从她体中提取异形用以研制化学武器，支援地球上的新的世界大战。