柯南用新一的身份在电话不自愿地约会了小兰，陪她看5月3日的午夜场电影，以便请求小兰替他参加森谷帝二教授举办的茶会。柯南为此十分烦恼，不知如何掩饰他变小的事实。目送小兰离开后，柯南接到一个电话，是来历不明的炸弹客挑战柯南！
少年侦探团收到的引爆遥控飞机、被安装了炸弹并装着小猫的宠物篮，还有东都环状线的五颗炸弹陷阱，大家奋力推理，才及时预防了可能发生的意外。可是，最后被安装了炸弹的地点其实是工藤新一和小兰的约会地点－米花市政大楼！柯南该怎么办呢？