柯南和少年侦探团在参观一座西多摩市新建的“双塔摩天大楼”时，意外的发现了黑暗组织成员琴酒（Gin）。之后就发生了命案。
命案还没结束，共通点是每名死者身边都会留下一个小酒杯。就在柯南和少年侦探团找寻凶手时，琴酒也得知他正在找的叛徒雪莉将在不久之后参加西多摩双子大楼的落成典礼，并准备在典礼上把她暗杀。
在会场上，短暂的黑暗又有一人死亡。现场也留下了同样的小酒杯，暗示凶手和之前的是同一人。就在警方和毛利小五郎追查案件的时候，琴酒引爆了藏在大楼内的炸弹，销毁了情报，同时将顶楼的柯南一行人陷入了危险之中……