以东京为中心发生六件大范围的连续杀人事件，引起警政高层的重视，柯南意外地发现“黑色组织”涉及整个事件!
如果他们知道工藤新一还活着的话，那么新一与柯南的伙伴们会不会一并遭到追杀?!
知道事态危险的柯南又如何独自展开搜查..