电影描述在某个漆黑的夜晚，日本警察内部遭到间谍入侵。间谍企图窃取英国的MI6、德国的BND与美国的CIA甚至FBI的机密资料，在千钧一发之际被安室透率领的公安警察发现。间谍只好抢车逃走，在高速公路上与安室展开竞速追逐，在险些波及其他车辆而酿成重大事故的瞬间，间谍的车被FBI的赤井秀一的来福枪子弹击中，并从公路上坠落。隔天，柯南等人到改建后盛况空前的东都水族馆游览。
在作为特色景点的大型摩天轮下，柯南发现一位外貌端庄、孤身一人的受伤女性，又看出她左右瞳孔颜色相异，也就是俗称的“odd-eyes”。但是，这名女性正处于丧失记忆状态，忘了自己的名字，所携带的移动电话也坏了。柯南等人与这位女子约定帮助她找回记忆，然后就在一起行动。苦艾酒一直在暗中监视，在那之后她拿出装有消音器的枪，并对着衣服上的微型通信器说：“我正有此意喔，琴酒”。