大雄与同学们为了暑假作业到图书馆去找有关海的资料，无意中看见《金银岛》这本书籍后感到对寻宝一事的憧憬，于是由哆啦A梦的道具「寻宝地图」中无意刺探到金银岛，于是与哆啦A梦就怂恿胖虎、小夫与静香一起加入这个冒险，向金银岛出发。到达岛上后为了增加气氛，于是由哆啦A梦拿出「差不多暴风雨」来增添冒险气氛。但不知道为何忽然引起时空的异变，时空错乱将他们转移到17世纪的加勒比海上，并且卷入海盗之间的斗争，不但大雄与大家失散了，哆啦A梦还甚至遗失了四次元口袋。而大雄在混乱之中被粉红色海豚露菲给救到岛上，并且结识了单独在岛上生活的少年杰克。另一方面，哆啦A梦们被当代横跨七个海域的海盗吉特船长与其朋友科尔特船长的女儿贝蒂解救，并且还得到他们的帮助一同前往传说中的宝岛去救大雄。后来还发现原来金银岛是来自未来世界的科隆博士和卡修等人的秘密基地，他们在金银岛上将生物改造成凶暴特性来贩卖的恶人集团。哆啦A梦们是否能顺利的与大雄会合？他们是否能够阻止卡修这个犯罪集团的计画呢？