绯村剑心是日本19世纪的传奇剑客，在动荡的幕府末年卷入争斗中，曾是令人闻风丧胆的「千人斩拔刀斋」，在「新时代」来临后过着和平的生活。
当志志雄真实接替剑心成为「影子杀手」后，因为知道太多新政府的肮脏事，在新时代崛起之时，被人刺伤后放火焚烧，然而他存活下来，全身包裹着绷带，自此在京都黑社会集结叛变的前武士，以推翻新政府为目标。
剑心答应新政府的请求来打败志志雄，离开东京的好友前往京都。他的剑术及智慧与志志雄不分轩轾，但目标却大相径庭，剑心能保护国家，又坚守他的不杀之誓吗？