剑心(佐藤健饰)来到京都,欲阻止想征服日本的志志雄(藤原龙也饰),并与志志雄的部队发生正面冲突。然而志志雄正准备驾驶装甲舰-炼狱号袭击东京。
剑心为了拯救被志志雄抓走并丢入海中的小薰(武井咲饰),他奋不顾身跳入海里却独自被冲上岸,被师父比古清十郎(福山雅治饰)救起。剑心深知以自己目前的实力无法打赢志志雄,于是请求师父传授「飞天御剑流」的奥义。
另一方面,得知剑心还活着的志志雄向政府施压,要胁政府以幕末时代犯下的杀人罪孽,公开斩首剑心。面临最大危机的剑心,要如何打败最疯狂的敌人志志雄拯救日本?并与下落不明的小薰再度相聚呢?