剑心（佐藤健饰）来到京都，欲阻止想征服日本的志志雄（藤原龙也饰），并与志志雄的部队发生正面冲突。然而志志雄正准备驾驶装甲舰－炼狱号袭击东京。
剑心为了拯救被志志雄抓走并丢入海中的小薰（武井咲饰），他奋不顾身跳入海里却独自被冲上岸，被师父比古清十郎（福山雅治饰）救起。剑心深知以自己目前的实力无法打赢志志雄，于是请求师父传授「飞天御剑流」的奥义。
另一方面，得知剑心还活着的志志雄向政府施压，要胁政府以幕末时代犯下的杀人罪孽，公开斩首剑心。面临最大危机的剑心，要如何打败最疯狂的敌人志志雄拯救日本？并与下落不明的小薰再度相聚呢？