当IMF的使命结束时，世界面临着严重的后果。由于过去的任务，使得美国中央情报局开始质疑起伊森·亨特（汤姆·克鲁斯饰）的忠诚和动机；自此，IMF的成员们在遭到刺客追杀的同时，也试图阻止全球性的危机发生。