爱伦·蕾普利自从逃出诺斯托罗莫号后，在太空中休眠整整五十七年才抵达地球。当她于地球附近的太空站恢复清醒后，从一位“韦兰-尤坦尼集团”代表卡特·伯克得知她在太空漂流的周期，以及她的女儿亚曼达于十年前就以66岁的高龄去世的消息。之后，蕾普利将诺斯托罗莫号上的灾难过程汇报给韦兰公司高层时，在座的高层却不采信她的故事，甚至撤销她的太空飞行执照。
当初爆发异形的“LV-426号行星”，如今被韦兰集团实行过地球化工程后，变成一个太空殖民家园“希望之地”（Hadleys Hope）。有一家人于星球上拾荒过程中无意间进入之前发现异形蛋体的外星船，其中一人因此同样受到感染，导致殖民地于几小时后和地球失联。伯克与一名陆战队中尉戈曼希望蕾普利能一同前去殖民地调查，蕾普利因为近期挥之不去的噩梦，使她决定再次面对恐惧来解脱。蕾普利与伯克和戈曼登上太空战舰“苏拉克号”，见到由士官长艾朋率领的精英陆战队。但队伍中包括一个机器人“主教”，蕾普利因为之前的经历而对机器人有敌意，因此对主教的出现感到厌恶...
