故事情节紧接着第二部，海军陆战队的飞船 Sulaco 载着 Ellen Ripley 、Newt、 Hicks 与损坏严重的机器人主教 一起离开了 LV-426 。但是飞船没能返回地球，而是坠毁在一个关押全是男性犯人的星球监狱-Fury 复仇者 161星上，船员中只有 Ripley 一人生还。Ripley在监狱医生Clemens的帮助下逐渐康复，同时为了适应星球上的环境而剃光头发，但是星球上的犯人却开始一个接一个地神秘失踪。Ripley 怀疑又是异形在作祟。于是 Ripley 找出主教的残体接上电脑查看飞行记录后，证实了自己的设想。于是 Ripley 联合所有囚犯开始寻找那头嗜杀的怪兽。然而在这座监狱中却没有一件武器可以用来对付异形，很快，很多人都被杀害了。而这时 Ripley 开始感到自己的身体有异样，经过扫描检查，发现已经有一只雌性异形正在她体内生长。在付出巨大的牺牲之后，异形最终被消灭。这时公司派来的人也赶到了这个星球，为首的主教（其实是主教的设计者）希望 Ripley 能跟他们一起回到地球，通过医学手段取出异形，并保证她的生命安全。但是 Ripley 已经不相信公司的人了。最后，Ripley 带着马上就要从她的胸腔里迸出的异形跳入高温熔炉与之同归于尽。唯一幸存的犯人Morse被带回地球，最后一幕在Ripley的睡眠舱停留了一下，便响起了该女主角在全系列的第一部中向公司汇报的话语，之后已出现复仇者161星球被关闭的信息作为结局。
