在《黑客帝国》系列电影最后一集中，延续上集《黑客帝国2：重装上阵》的故事，并揭晓机器与人类的最终命运。
机器帝国集结了乌贼大军攻打真实世界仅存的人类城市——锡安城（Zion），锡安城内的人类拼死抵抗，但最后仍是兵败如山倒；另一方面，电脑人史密斯（Agent Smith）进化成为更高等的电脑病毒，几乎占领了整个矩阵（Matrix），甚至包括了“矩阵之母”——先知（Oracle）。经过与先知密谈的救世主尼奥（Neo），终于清楚自己的使命，便和女主角崔妮蒂（Trinity）两人强行攻入位于地表，人类几乎无法进入的机械城市。
虽然在重重阻碍中，尼奥借由救世主不分世界的超能力成功进入机械城市，但崔妮蒂在此牺牲。尼奥进入机器城市后，与身为机器首脑的机械主（其地位相当于诺斯底主义中的上帝，详见“缓和二元论”处）达成停战协议。而代价是尼奥必须进入矩阵，删除叛逃异变的强大病毒——史密斯。
经过一番苦战之后，尼奥败了，被史密斯所感染复制，但是机械主也因此获得了史密斯的代码，从而成功将其清除，在最后一刻拯救了仅存的人类，还有被机器大军破坏殆尽的锡安城，机器世界与真实世界都获得了和平，人类从此可以选择生活在矩阵或现实世界，而造物主也承诺不愿生活在机器世界（母体）的人类将会获得自由。在最后，先知表示相信尼奥还会回来。
