全国紧急事情发生！
“紧急接近下！这艘船可能放置了爆破物……”京都舞鹤港湾的晨曦，出现了一艘身份不明的船只，遗留在船上的档案及物品经查发现全部皆非来自日本国内。此一新闻的报导，让日本全国陷入恐慌。
突然遇袭的日本海上护卫舰“宙斯盾舰”！
柯南、小兰、毛利小五郎以及少年侦探团等人，一同参加了宙斯盾舰的体验航海活动，在日本海上自卫队员的示范下，亲眼见识到气势非凡的空中对战演习。这时候，神秘的敌军突然来袭，演习旋即变成了真实的激烈对战!小兰与少年侦探团成员看到眼前的这一切，感到十分恐惧与不安。在海上自卫队冷静的应对处理下，战况总算平息了下来，但是却摸不清敌人的目的为何。在此同时，舰里发现了一只自卫队员的左手残肢，那只手上戴了一只时间停滞在上午5时30分的手表……在如此不寻常的事态下，大阪府警方与京都府警方也紧急出动直升机前来现场，协力展开调查。而实际上并未登舰的女性自卫官──藤井七海，也在此时谜样般的现身……
危险度150%！与看不见的敌人进行谍报战！
凭借着犯人追踨眼镜、最新侦探工具“卫星电话手表”，以及在大阪的平次、和叶的协助下，柯南与灰原、阿笠博士对此一事件展间调查，赫然发现中国的间谍“X”竟然正潜伏在舰上！究竟间谍“X”是谁？自卫队员的左手、谜样般的女性自卫官，他们之间又有什么关联存在呢？在这艘宙斯盾舰上所发生的事件，其实正蕴藏着一桩牵连日本全国的巨大阴谋！
间谍所持的尖锐刀刃正朝向平次！甚至连小兰也有危险！“相信你一定能找到……因为新一是名侦探”承诺过的约定，一定要守护的伙伴。
如今远海的紧急任务，柯南将全面反击！
