朝仓都知事收到一封神秘的恐吓信,内容为:“对于你那4年执政中桀骜不驯的态度,上天将给予惩罚!”。隔天,由都知事主导开通的新地铁隧道遭到炸毁。虽然多亏柯南知道恐吓信而使得这次爆破事件没有人员伤亡,但是夺取都知事性命失败的犯人势必将再次犯案,并带来更大的灾害,调查朝仓都知事历年事政的柯南,察觉到极有可能是在国土交通大臣时代所推动的大坝建设案中,怀有恨意的犯人就在那相关关系人等之中,因此决定进行深度搜查。
因为大坝的建造,沉入湖底的新潟县北泽村村民迁移到邻近土地已有5年了,在这5周年纪念的日子里聚集了许多人前来参加。可能如推测,犯人就在那人群之中吗?柯南展开事件调查的同时,巧遇5位在8年前就是儿时玩伴的男女相聚在此地。
纠缠他们的黑暗阴影、忌妒、愤恨,以8年前交通死亡事故为契机,一直到大坝建设后的今。然而就在和交通事故发生的同一天,8年前行经悬崖而坠落失去意识的少年冬马醒了过来,对于交通事故发生当日的记忆,有一点一滴逐渐唤醒的冬马有着迫切的危机。果然,在那群儿时玩伴中又有一人遇害,尸体被寻获了,这黑暗阴影也一步步的逼近少年侦探团。