若大家还记得在第二部曲「破」的尾段，明日香不幸被第三使徒精神污染及侵食掉，最后生死未卜，但在最后的预告中却出现了戴着眼罩的明日香，引得了全场欢呼。而这様的独眼龙明日香就是驾着 『改二号机』，在第三部曲最先出场。 。 。 。时间已是「破」完结的14年之后，明日香28岁，美里已经40多岁了！第3新东京市已消失。 。 。葛城美里带领着原属NERV的一些人员，脱离了NERV，成立了新的组织WILLE，与NERV对拒，目标是要歼灭所有隶属NERV 的EVA。铃原东治的妹妹，也在美里这个组织工作。今集出场的还有渚薰，他将与碇真嗣一起驾驶13号EVA出动。各种各样震惊的画面及情节，即将开拓出未知的结局，EVA迷定必拭目以待！
